排泄物処理について。乳児に空気感染しますか？

乳幼児/男性 - 2015/11/30

1歳8ヶ月の男の子が土曜日の朝食欲が無く牛乳,ヨーグルトを食べた直後に1度だけ嘔吐。
熱計ったら37.8℃→38.7℃まで上がり、小児科に受診したら39.9℃まで上がっていて、胃腸炎と診断されました。
日曜日平熱～37℃台まで下がり、元気で食欲有り、嘔吐なし、下痢２回。
本日月曜日、熱も嘔吐も無し、元気で食欲有り。
便は今日まだしてないので下痢が治ったかはまだわかりません。

経過と症状はこのような感じです。
２ヶ月になったばかりの乳児がいるため、土曜日発熱後から別室に移しましたが、上の子はもう元気なので乳児のお世話をしてる間1人で部屋にいさせるのは危険なので、同室に戻したいのですが、空気感染はするのでしょうか？
オムツ処理を徹底すれば移りませんか？
乳児はベビーベッドですが、授乳する時は床に座るので上の子が近くにいます。
また、土曜日嘔吐した際に胃腸炎だとは思わず、こたつ布団とラグマットに付いた吐物を拭く事しかせず、汚れた服も吐物を洗い流してから洗濯機で回してしまい、部屋干ししてしまいました…
日曜日にこたつ布団カバーは洗いましたが、ラグマットは次亜塩素?のスプレーを買って来て吹きかけましたがそのままです。
ラグマットは廃棄した方が良いですか？
部屋干ししてしまったので部屋にウィルスが舞ってますか？
その場合乳児を同室にした場合感染しますか？
また、同室を控えた方が良い場合はいつから同室大丈夫でしょうか？
回答よろしくお願いします。