大腸菌とMRSAによる耳の感染症について

person乳幼児/女性 -

生後2ヶ月の赤ちゃんに10日ほど前から 耳だれがあり先週小児科にかかりました。
耳の炎症という診断で取り急ぎアモキシシリンをいただきましたが、細菌培養の結果MRSAと大腸菌が見つかり、SMZ-TMPを処方されています。
症状が出はじめた頃は特に外出していなかったのですが、大腸菌やMRSAの感染経路として何が考えられますか?
ペットはおらず、家族3人暮らしです。私や夫の衛生管理が原因でしょうか?赤ちゃんがオムツ替えの時に自分の便に触れてしまう事で大腸菌に感染することもあるのでしょうか?
当方アメリカ在住です。慣れない生活と育児のため、どんなことに気をつけるべきかアドバイスいただけると助かります。どうぞよろしくお願いいたします。

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