3歳。長引く高熱とCRPの高値の原因は？

乳幼児/女性 - 2017/04/19

3歳5ヶ月の娘についてです。
長引く発熱、CRPの高値の原因がはっきりせず不安です。
(10日〜14日には1歳息子も咳鼻を伴う発熱あり、2人とも4月から保育園入所)
12日から激しい乾いた咳(軽い咳は一週間以上前から)
13日夜から37℃台の微熱
14日1日37℃台後半の熱
15日37℃台から38℃台を推移し夕方一旦平熱あたりまで解熱
16日朝38℃台 昼から39℃〜40℃ 救急医の耳鼻咽喉科で耳、喉の発赤ありで中耳炎にはなっているけど充血のみなのでウイルス性では、とのこと。インフル陰性。
17日朝38℃台、日中37.2、夕方38℃〜39℃台
18日朝39℃台、昼37.7℃、14時〜39℃台
かかりつけにかかり精査の結果、マイコプラズマ、プール熱は陰性。血液検査の結果が悪く、CRP15.6WBC16.4で即紹介状で総合病院へ。
詳しい血液検査(標準的な項目)ではCRPとWBC以外は大きな問題はなし。
胸のレントゲンで薄っすら肺に汚れがあるので肺炎ではないかとのこと。
ちなみに咳は発熱初発時は乾いた咳がひどかったですが、現在は痰が絡む咳を時折する程度です。
それにしてはCRPが高すぎるので中耳炎や耳鼻科的な炎症が原因ではないかとのこと。
現在白血球の内容や鼻腔の細菌検査、尿検査、敗血症などの検査結果待ちです。
とりあえずは肺炎＋中耳炎で治療が始まりました。
熱は、17時39.9℃、19時38.5℃、22時37.7℃、0時36.9℃と下がってきたためもう大丈夫かと思ったのですが4時過ぎに再び40℃近い発熱に気づき現在も高いです。
昨晩23時頃から抗生剤も投与が始まったのに再びの高熱。
原因もはっきりせず不安しかありません。
肺炎などでもすぐに抗生剤が効かないことはありますか？
心筋炎は主治医にききましたが否定されました。
熱が下がっているときは元気も食欲もあります。
これらのことから何が原因の可能性があるのでしょうか？
不安でたまりません。