排尿痛がありますが検査で陰性でした。淋病の偽陰性はあるのでしょうか?

person50代/男性 -

1週間ほど前から、尿道の痒みに続き排尿痛があり、時期的に可能性のある行為もしています。

痒みと違和感があったので、クラミジア、淋病、マイコプラズマ・ウレアプラズマの検査をしました。 
尿からのPCR法とのことで、結果は4日後以降とのことでした。
その後、排尿痛が強く出始めましたので、その結果を待たず、クリニックで短時間で結果の出る(おそらく抗原検査)をしたところ、淋病が薄いですが陽性とのことでした。
そのためセフトリアキソンの点滴を受けました。

点滴から24時間経ったころ、最初のPCRの結果が届きましたが、4項目すべて陰性でした。
膿はあまり出ず、出ても透明の粘り気のない液体ですが、排尿痛は強く出ており、出始めから終わり近くまで、尿道の先端から中間ぐらいまでが、針を刺したように痛みます。

PCRは偽陰性でかつ薬が効いているのであれば、2,3日後には痛みは消えてくるのではと思うのですが、現状は痛みは続いたままです。
偽陰性でなければ、別の病気が考えられます。

1 考えられるとすれば、どんなことの可能性があるでしょうか?
2 また偽陰性だった場合、試料の扱いが悪かった等で、他の項目の信憑性も疑われます。
再度検査した方がいいのでしょうか?

よろしくお願いします。

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