性病検査どちらが正確でしょうか。

person20代/男性 -

12月20日ごろに性行為があり、1月入った頃くらいから排尿痛などはありませんが、陰部の違和感が少しありました。

A病院
HIV
淋菌(顕微鏡検査)+培養
クラミジアPCR法
梅毒RPR法・TPHA法
B型肝炎
C型肝炎
咽頭淋菌+咽頭クラミジア
を検査しました。
淋菌 顕微鏡検査は膿自体はでていませんでしたが、尿道口を開きガラスにつけそれを検査しており、5分ほどで陽性と判断されました。
3日後に他の結果は検査は全て陰性と出ました。

偽陽性かと思い薬はもらわずに
同じ日にB病院で、淋菌とクラミジアの精密検査をしました。(尿検査は2時間以上は空けております。)
リアルタイムPCR法(淋菌核酸検出)こちらも3日後に検査結果がでて、陰性となりました。

どちらも陽性なら納得が行ったのですが、
正確の検査はどちらでしょうか。

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