溶連菌陰性から陽性に変わることはあり得ますか？

乳幼児/女性 - 2016/04/02

3歳の子供の発熱。
咳、鼻水、めやにあり。

夜、突然39度の発熱をし、その日の晩はそのままねかせました。
翌朝にはすっかり平熱に戻り、食欲もあるため安心していたらまた夜中に40度発熱。
夜間診療に向かうも、原因は特定されず様子見。
翌朝(発熱から３日目)はまたもや平熱にもどるものの、やはり夜になると40度の発熱。
翌朝(発熱から４日目)は引き続き40度前後の熱があったため、小児科を受診。
インフルエンザ、容連菌の検査は共に陰性。
担当医の見立てではウイルス性の気管支炎ではないかとのことでした。(投薬はアンヒバとカルボシステイン)
４日目の夜から熱は下がり、発熱から一週間経った現在ですが、以前より元気が無いように見えます。
容連菌検査で陰性でも後に陽性になると聞いたことがありますが、万が一そのパターンだった場合、抗生物質を飲ませていませんが大丈夫なのでしょうか。