クローン病診断について

40代/男性 - 2016/08/23

48歳男性です。
腹痛下痢血便高熱が続き、2つの病院受診し快方に向かわず救急で総合病院消化器科に行き即入院。当初、疑膜性腸炎と診断、イレウスも起こし、その後高熱も続く為、膠原病検査するも否定。3ケ月以上絶食、点滴のみ。エレンタール飲むも腹痛悪化で中止。アメーバ腸炎→クローン病疑い→クローン病と言われ専門科のある大学病院へセカンドオピニオンし転院。前病院での内視鏡画像を見て、クローン病は否定的でアメーバ腸炎の酷いものという判断。
痔瘻はありません。
すでに体重が20キロ近く減少しており前病院入院中にカメラが入らないほど大腸狭窄が進み、転院後に手術。結腸亜全摘 回腸S状結腸吻合術です。回腸に穴があき小腸に癒着していたとの事。2ケ月後、検診では体重も増加、CRPは0.11、更に2ケ月後には0.09、腹痛も熱もなく通常生活でしたが、術後4ケ月経過した今回の検診の際に、切った大腸検査結果で肉芽腫がみられたとの事で、ほぼクローン病と言われ、ペンタサ処方され特定疾患の申請するよう言われました。
食事は、繊維には気をつけてという程度であまり厳しく言われませんでした。
ただ担当医がいうには、色んな事が重なっており更に追及していく…との事でした。
どんでん返しの判断に本人の落胆が酷く、詰まるのが怖い食べるのが怖い…とその日から、特に脂質に異常に反応しあまり食べてくれません。
肉芽腫が決定的なのですか?他の要因での肉芽腫という事はありますか?少ない確率でもクローンではない可能性はあるでしょうか。