１歳の咳、高熱が出ています

乳幼児/男性 - 2018/03/23

１歳２ヶ月の息子が、一週間前から痰が絡む咳をし始め、就寝時に喉に詰まるのかたまに嘔吐していました。
熱はなかったので様子を見ていましたがだんだんと悪くなり夜眠れなくなったので小児科へ行きました。
その時点でも熱はなく鼻水が少し出ていて、処方してもらった薬はシロップMIX(カルボシステインシロップ5%、アンブロキソール塩酸塩シロップ小児科用0.3%、アスベリンシロップ0.5%)と、抗生物質のクラリスドライシロップ10%小児用です。

家へ帰って薬を飲ませ昼寝から起きると発熱していました。
１日目は40度近く、夜はうなされ呼吸も苦しそうであまり寝れていないと思います。２日目の今日も、39度以上の熱があり、ほとんど横になっていますが起きると泣いて機嫌が悪いです。
たまに頭を押さえるような仕草をして、頭痛かな？と思っていますが脳炎など心配になってしまいました。
薬はちゃんと飲めて、おかゆと水分も取れています。
病院に行ったあとに発熱したので解熱剤を処方してもらっていませんが、半年前に発熱したときに処方してもらった座薬のアルピニー坐剤50が冷蔵庫に残っていて、これを使っても良いものでしょうか？
高熱は何日続いたら、その他どのような症状が出たら小児科へ行くべきでしょうか？